本实用新型公开了一种制药用污水处理系统，涉及制药污水处理相关领域，为解决目前的处理系统容易堵塞的问题。所述第一沉降室的内部固定连接有密封筒，所述密封筒的内部活动连接有活塞，所述活塞的一侧固定连接有推杆一，所述推杆一的一端固定连接有扶手，所述活塞的另一端固定连接有推杆二，所述推杆二的一端固定连接有推板，所述第一沉降室的一侧通过排污管与水泵一固定连接，所述水泵一的输出端固定连接有第一反应室，所述第一反应室的一侧通过出水管一与第二反应室活动连接，所述第二反应室的上表面固定连接有电机，所述电机的输出端套接有转轴，所述转轴的外表面套接有搅拌叶，所述第二反应室的一侧固定连接有第二沉降室。