本实用新型公开了一种避免堵塞的发酵原料甲醇过滤除菌装置，包括机架、连接杆和搅拌杆，所述机架的上端连接有顶板，且顶板的上端固定有进料管，所述进料管的内部连接有滤芯，且滤芯的下端连接有排杂管，所述排杂管设置在机架的内部，且排杂管的内部固定有固定杆，所述滤芯和排杂管的一侧分别和连接盘相连接，所述固定套位于滤芯的外侧，所述支撑柱位于机架的内部，且支撑柱的侧面固定有搅拌杆。该避免堵塞的发酵原料甲醇过滤除菌装置，当料从滤芯内流出后，经过固定道喷出，从而带动固定套进行转动，当固定套转动时摩擦片随之转动，从而使得摩擦片和滤芯摩擦，进而对滤芯进行清理，防止滤芯出现堵塞。