本实用新型公开了一种利用秸秆与畜禽粪污生产有机肥的系统，包括粉碎除尘单元、高温杀菌单元、腐熟发酵单元以及除臭单元，所述粉碎除尘单元包括除尘器以及粉碎机，秸秆经过粉碎机粉碎以及除尘器除尘后与畜禽粪污混合进入高温杀菌单元，所述高温杀菌单元与粉碎除尘单元之间设有传送带，所述高温杀菌单元包括加热罐，秸秆与畜禽粪污经加热罐高温杀菌后流入腐熟发酵单元，所述腐熟发酵单元包括发酵罐，所述发酵罐底部设有底阀，经发酵完成后的物料从所述底阀出料，所述除臭单元设置于畜禽粪污裸露处，进行臭味消除，本实用新型不仅可以解决秸秆综合利用问题，还可以将畜禽粪污变废为宝，生产出具有较高经济价值的有机肥。