本实用新型提供一种船载自动装袋除藻装置。一种船载自动装袋除藻装置，包括：船体；固定板固定安装于船体的一侧，转动轮设置于固定板的一侧，收集板固定安装于转动轮的表面，箱体固定安装于船体内壁的底部，收集箱固定安装于两个支撑杆之间，电机固定安装于箱体的顶部，连接板固定安装于电机的一端且位于所述箱体的内部，所述连接板底部的两侧均设置有收集袋。本实用新型提供的船载自动装袋除藻装置具有使用转动轮和收集板可以防止在长时间的使用造成设备堵塞，使用挡板组件可以方便对收集板表面的水藻进行清理，防止水藻洒落至船体表面造成清理不便，使用电机和连接板的配合使用可以代替原有的人工下料，能够使设备成为半自动化工作。