本申请涉及一种输出能量控制系统及能量稳定型倍频激光器，涉及激光器的倍频技术，用于解决倍频效率失调时需要人工主动调节、较为不便的问题。该系统和激光器被均包括用于发射基频光的基频激光器及沿基频光发射方向交错分布的至少一个倍频晶体及至少一个倍频光能量采样镜，倍频晶体分别设置于恒温炉内，与倍频光能量采样镜一一对应的倍频光能量探测器，控制器连接倍频光能量探测器及恒温炉，根据倍频光能量探测器探测所得的倍频光能量，通过控制器控制恒温炉以改变倍频晶体的温度环境，从而改变倍频晶体的匹配角度，调整倍频效率，实现对倍频光能量的调节，调节过程不易对激光器内部造成污染，且不需人工主动调节，较为方便。