本申请公开了一种微生物肥生产用功能菌分离装置，包括蝶形分离器，所述蝶形分离器的顶部连接有加料管，所述加料管上依次安装有第一观察窗和流量计，所述蝶形分离器的一侧连接有稳压管，所述稳压管上依次安装有第二观察窗和压力表，所述稳压管的一端安装有稳压阀，所述稳压阀的一侧安装有水管，所述蝶形分离器的一侧安装有排料管，所述排料管底部连接有调剂箱，所述调剂箱的底部倾斜设置，所述调剂箱的底部设有出料口，所述出料口的一侧设有移料机构。本实用新型使用蝶形分离器，通过调控压力和添加量的大小，能够高效率高质量的分离出功能菌，解决了在功能菌生产过程中难以分离的问题，提高生产效率，降低生产人员的劳动强度。