本实用新型公开了一种控温机箱的防水机构，包括控温机箱体和箱盖，所述箱盖的内壁设置有防水凹槽,所述防水凹槽的内部设置有硅胶密封圈,所述箱盖的内壁四周开设有螺纹孔一，所述控温机箱体的内壁设置有固定结构，所述固定结构的中部开设螺纹孔二，所所述控温机箱体的一侧开设有开口，所述开口上设置有显示器，所述控温机箱体的内部设置有电机一和电机二，所述电机一的外部设置有减速机一，所述电机二的外部设置有减速机二，所述控温机箱体的底部设置有导线输出座，所述导线输出座上设置有导线。本实用新型结构新颖，设计巧妙，能够有效提高控温机箱防水性能，延长使用寿命，解决现有技术中控温机箱容易受到水侵蚀密封性差的问题。