本实用新型涉及计数板清洗设备技术领域，尤其涉及一种细胞计数板清洗系统。该细胞计数板清洗系统包括真空泵、废液收集容器、吹气管路、抽气管路和吸液管路，所述真空泵设有抽气接口和出气接口，所述吹气管路的一端与所述出气接口相连通；所述抽气管路的一端与所述抽气接口相连通，所述抽气管路的另一端与所述废液收集容器相连通，所述吸液管路的一端与所述废液收集容器相连通。本实用新型的细胞计数板清洗系统，结构简单，操作方便，造价成本低，能够方便、快速的完成细胞计数板清洗工作，使计细胞计数板成为可以重复使用的耗材，进而显著降低了使用成本，并且该系统可以适用于市面上绝大多数细胞计数板。