本实用新型提供了一种药品分装系统，包括储药柜、第一传动带、药袋分离装置、收药漏斗、第二传送带、封袋装置、第三传送带、剔除装置和控制器，第一传动带上方设置储药结构，所述储药结构包括两个相互平行且对称设置的储药柜，两个储药柜之间设有缝隙，第一传送带上方还安装药袋分离装置，第一传送带一端通过收药漏斗固定连接至第二传送带的一端，第二传送带的另一端安装封袋装置，封袋装置的出袋端位于第三传送带第一端的上方，第三传送带的第二端设置剔除装置。本实用新型所述的药品分装系统，可以将不同种类，不同数量的多种药品，通过控制器操作完成配药包装一体化操作，减少人力成本和配药出错等人为失误，工作效率高，设备可靠性高。