本实用新型提供一种水轮机机座结构。所述水轮机机座结构包括机座圆形壳体、定位安装结构和缓冲结构，所述定位安装结构连接于机座圆形壳体，定位安装结构包括螺纹杆、安装底板、定位圆筒、压紧螺母、第一圆环板和第二圆环板，机座圆形壳体的底部外侧壁固定套设第一圆环板，机座圆形壳体的内底部套设定位圆筒，定位圆筒的底部固定安装有底板，定位圆筒的顶部外侧壁固定套设第二圆环板，第一圆环板和第二圆环板侧面上开设有若干个环形设置的长条腔。本实用新型提供的水轮机机座结构具有不采用传统多个孔与孔对齐方式，能够快速落位对接，使得吊装过程能够快速进行定位安装，提高安装效率的优点。