本实用新型公开了一种母种自动选择系统，包括：孵化盒，其内水平设置孵化网和高清摄像单元；羽化匾，其具有多个方格，方格底部设置称重模块；羽化箱，其有多个羽化单元，羽化单元包括：用于插入羽化匾的羽化层、中空层、通道层；扫描单元，其在羽化匾插入羽化层时扫描获得每个方格的图像；后台系统，其包括处理单元、存储单元和显示单元；所述处理单元与所述高清摄像单元、称重模块、感应装置以及扫描单元连接；存储单元和显示单元与所述处理单元连接。相比传统的手工测量母种蚕茧的长度宽度和重量数据，手工统计孵化率和羽化率等数据，本实用新型实现了测量和统计的自动化，选择更加便捷，效率更高。