本实用新型公开了一种水环境检测装置防水结构，包括主机和侧壳，所述主机的两侧侧壁上均套设有侧壳，所述侧壳的侧壁中心均开设有圆孔，所述圆孔内设置有检测头。本实用新型通过设置有侧壳和气囊，通过将侧壳套设有主机两侧连接处位置，并通过螺纹杆连接，再通过进气口对气囊充气，气囊紧贴到主机侧壁上凹槽内，实现侧壳和之间缝隙的密封，提高防水效果；通过设置有固定板，固定板符合流体动力设置，检测时固定板可以在水流作用下转动，固定板带动圆环板转动，使得竖杆带动刮板一起转动，可以实现刮板上的毛刷不断对防护网的清扫操作，避免对探测头检测的影响，使用方便。本实用新型具有防水效果好和便于使用的优点。