本实用新型涉及黑臭水体处理技术领域，公开了一种黑臭水体生物处理装置，包括处理箱，所述处理箱的上端固定连通有硬质管，所述硬质管的上端固定连通有菌种箱，所述硬质管内固定安装有电磁阀门。本实用新型通过抽水泵、菌种箱、硬质管、伺服电机、转轴、搅拌杆和pH计的设置，启动抽水泵将黑臭水注入到处理箱内，然后启动电磁阀门将菌种箱内的枯草芽孢杆菌加入到处理箱内，然后通过pH计观察处理箱内黑臭水的pH值，当黑臭水的pH值过高或者过低时，通过通孔加入酸或者碱进行中和，从而能够保证枯草芽孢杆菌的活性，并且启动伺服电机带动搅拌杆转动，进一步的能够让枯草芽孢杆菌与黑臭水混合均匀，从而增加黑臭水处理的效果。