本实用新型提供一种草酸酯加氢系统，属于乙二醇制备领域。系统包括：压缩机、加氢反应部、氢气入口和草酸酯入口，压缩机和加氢反应部通过管路形成闭环连接，加氢反应部沿物流流通方向划分为至少两个串联设置的加氢反应单元，每个加氢反应单元设置有跨线管路。当其中一个加氢反应单元在出现故障时，循环气可通过跨线管路进入下一加氢反应单元，避免了对其他正常加氢反应单元的影响，保证了工艺流程的灵活性和乙二醇收率。当系统内设置四个串联的加氢反应单元时，相比于传统并联流程，压缩机能耗可降低4.32%，压缩机进出主管道上单位管道重量可降低50%以上，与管道表面积相关的单位管道保温伴热材料用量可减少70%以上。