本实用新型公开了核酸检疫领域内的一种高效自动化新冠病毒核酸智能采集系统，包括工作台，工作台前侧设置有面部支架，工作台上对应设置有身份识别装置，所述工作台上对应面部支架设置有咽拭子核酸采集装置，工作台上设置有试管摆放工装，试管摆放工装上分别设置有未检测区、在检测区和已检测区，未检测区摆放有若干新采样试管，所述在检测区摆放有至少一个在测采样试管，已检测区摆放有若干放置有咽拭子标本的已测采样试管，所述工作台上对应试管摆放工装设置有采样试管移动装置，工作台上还设置有对未检测区的新采样试管进行标记的采样试管喷码装置。本实用新型能够自动采集咽拭子样本，收集采样更加高效而且不会有人员感染风险。