本实用新型实施例公开了一种基因测序仪器样品预处理装置，属于样品处理技术领域，包括破碎箱，所述破碎箱底部设置有输送管，所述输送管一端设置有分离箱，所述破碎箱内部设置有破碎洗涤机构，所述分离箱内部设置有分离机构，所述破碎洗涤机构包括设置在破碎箱内部的多个挡板，所述破碎箱内部位于挡板底部设置有第一连接杆，所述连接杆外部设置有多个第一破碎球，多个所述破碎球表面均设置有第一刮板，所述第一连接杆底部设置有转轴。本实用新型结构合理，能够有效的将细胞物质进行破碎，洗涤，分离等多种过程，使细胞物质破碎的更加充分，提高样品的处理效率，从而进一步加快了工作效率。