本实用新型公开了一种港口航道生态护岸结构，包括固定墙、防护座、基座和挡墙，所述基座的顶部设有固定墙，所述固定墙一侧的基座上设有防护座，所述防护座的顶部设有排水槽，所述排水槽之间镶嵌安装有过滤网，所述防护座的一侧通过缓冲弹簧活动安装有防护板，所述防护板的内侧固定安装有定位桩，所述防护座的内部设有与定位桩配合的定位槽，所述基座的一侧固定安装有挡墙，所述挡墙与固定墙之间分别填充有土壤层与碎石层。本实用新型通过在基座的顶部设有固定墙与防护座，在固定墙与防护座之间填充有石笼，有效提高了对河流冲刷的抵抗性，通过在防护座的一侧活动安装有防护板，可以较为方便的缓冲河道内船只的碰撞，提高了安全性。