本实用新型公开了一种瓶装药丸装填系统，包括药瓶进料输送道、药瓶出料输送道、药瓶转盘、第二药丸下滑道、药丸暂存容器、第一药丸下滑道和药丸送料器；药瓶进料输送道和药瓶出料输送道设置为履带输送，瓶进料输送道和药瓶出料输送道设置在药瓶转盘的一侧并方便连接在药瓶转盘的两侧，第二药丸下滑道设置为封闭的的管道，并悬设在药瓶转盘的上方，药丸暂存容器设置为一个锥型容器，底部与第二药丸下滑道连通，顶部连接第一药丸下滑道，第一药丸下滑道设置为封闭的管道，在第一药丸下滑道上述设置有计数器，第一药丸下滑道的一端连接至药丸送料器的出料口，药丸送料器设置为震动送料器；解决了现在的瓶装药丸在装填时，数量很难固定的问题。