本实用新型涉及微生物分离提取技术领域，尤其是一种微生物分离提取装置，包括箱体，箱体上连接有水管，水管位于箱体内的部分沿长度方向开设有若干个通孔，箱体远离进料管的一侧连接有第一电机，第一电机的输出端通过第一连接轴连接有过滤板，箱体的一侧底端连通有排放管，支撑板的上端连接有第二电机，第二电机的输出端驱动连接有第一转轴，第一转轴的一端连接有第一摩擦轮，箱体上可转动的连接有第二转轴，第二转轴位于箱体外的一端连接有第二摩擦轮。本实用新型第一电机启动后通过第一连接轴带动过滤板顺时针转动90度后第一电机自锁，供水装置向水管通入清洗水，清洗水通过通孔释放，释放的水流冲刷过滤板，清洗过滤板上表面的微生物。