本实用新型公开了一种中药材饮片物流周转箱自动清洁系统，它包括除尘箱体、光电开关、压缩空气吹扫装置和吸尘器，除尘箱体的顶部和两个侧壁与输送线共同构成了对周转箱进行自动清洁的清洁空间，该清洁空间的入口处吊挂有入口门帘，出口处吊挂有出口门帘；压缩空气吹扫装置设于清洁空间内部的输送线的两边，在清洁空间入口的左右两边、清洁空间出口的左右两边以及清洁空间的顶部分别设有一个或多个吸尘口，吸尘口通过吸尘管道与位于除尘箱体外的吸尘器相连通。本系统可以在除尘箱体内的清洁空间内形成一个强力吹扫和强力吸尘的环境，能够有效地将飘落在药材饮片物流周转箱上的大量粉尘除去，避免了工作现场环境脏、难以清洁的问题。