本实用新型实施例公开了一种原子钟系统。该原子钟系统包括物理封装部，物理封装部包括：沿光路方向依次排列的激光管、四分之一波片、原子泡以及光电探测器；磁屏蔽线圈，磁屏蔽线圈环绕原子泡；加热电路以及印刷线路板，加热电路设置于印刷线路板上；真空封装壳体，真空封装壳体用于真空密封激光管、四分之一波片、原子泡、光电探测器、磁屏蔽线圈、加热电路以及印刷线路板。本实用新型实施例提供的技术方案可减少物理封装部与外界的热交换，加快原子钟启动速度，降低功耗。