本实用新型公开了一种手持式ATP荧光检测仪，属于微生物检测技术领域，包括下壳体和上壳体，下壳体内设有检测管，检测管两侧分别设有左遮光挡板、右遮光挡板，检测管上方设有遮光盖，下壳体内设有检测仓；还包括电路板和用于检测微弱荧光信号的硅光电池，电路板设置在遮光盖与检测仓的上方，检测仓与电路板之间设有遮光垫；电路板上集成有信号处理模块；硅光电池的信号输出端连接信号处理模块，信号处理模块连接显示模块。本实用新型通过在检测管两侧设置遮光挡板，上方设置遮光盖，同时在电路板放置腔与检测仓之间设置遮光垫，起到多层遮光效果设计，避免外界自然光对检测造成影响，减小误差，很大程度上提高了检测的精度和检测的稳定性。