本实用新型涉及水质水量监测领域，提供了一种水质水量生态补偿监测系统及无人船，系统的设备端包括中央控制模块、数据存储模块、传感器数据采集模块、电源管理模块和通信模块；中央控制模块同时与设备端的其他模块连接；传感器数据采集模块包括多种传感器；服务器端的数据库通过数据处理分析模块与展示模块连接，且与数据接收模块连接；设备端和服务器端以通信的方式连接；本实用新型具备监测水质水量等多个针对生态补偿具有重要参考价值的数据，有效弥补了目前生态补偿监测技术监测指标少、考核监测数据不全面的问题；同时全面且高质量的数据反映了河湖水环境的客观情况；无人船实现了高时空精度范围的监测，克服了监测数据不全面等技术难题。