本实用新型公开了一种带有防护结构的生物显微镜，包括底座，所述底座顶部设有显微镜，所述显微镜正面一侧中部设有控制箱，所述控制箱的外表面设有蜂鸣器，所述控制箱内部设有蓄电池与控制器，所述显微镜顶部与底部分别设有目镜与物镜，所述目镜的顶部设有目镜保护套，所述物镜底部设有物镜保护套，所述目镜保护套的中部设有与所述目镜连接的通孔，所述目镜保护套的顶部中心处且位于所述通孔的外侧设有卡槽。有益效果：目镜保护套的设计一方面使得操作人员的眼睛与目镜保持统一轴线从而可以轻易的对准目镜，另一方面给与操作人员一个支点，防止工作人员进行长时间观察时，头部肢体过于疲劳从而缓解工作人员一部分疲劳。