本实用新型涉及土壤生态修复技术领域，且公开了一种应用于土壤生态修复微生物菌种驯化设备，包括培养箱和温度控制装置，所述培养箱的底部固定安装有支腿，所述培养箱的底部固定安装有电机，所述培养箱内壁底部转动安装有与电机输出轴固定连接的转轴，所述转轴的外部固定安装有叶片，所述培养箱的内部固定安装有与温度控制装置电性连接的加热装置。该应用于土壤生态修复微生物菌种驯化设备，通过固定安装在培养箱左侧的曝气阀对培养箱内部的微生物进行驯化，通过设置在培养箱内部的温度感应器对培养箱内部的温度进行检测并通过与温度控制装置电性连接，从而控制位于培养箱内部的加热装置。