多种污染物对环境的污染正在成为一个全球性的健康问题。许多方法被用于这些污染物的生物修复。已经提供了用于一种或多种污染物的方法和系统。样本是从含有污染物的场地采集的。随后从样本中分离污染物。此外还创建了这些污染物的各种类型的降解剂的知识库。使用该知识库创建微生物图谱。随后利用微生物图谱设计第一微生物群落和第二微生物群落，它们共同提供了降解污染物所需的基因、蛋白质和酶。最后，第一微生物群落和/或第二微生物群落的混合物施用于该场地。该方法进一步包括检查所施用的混合物的功效并且进一步包括该混合物的重新施用。