本公开内容涉及用于捕获靶基因组区域的材料和方法，包括使用内切酶在具有最少约10至约30个核苷酸的特定识别位点处裂解靶基因组区域，并通过与桥接寡核苷酸杂交来捕获靶基因组区域。本公开还涉及分析捕获的靶基因组区域。用于裂解的内切酶可以是特异性结合识别位点以引导裂解的可编程内切酶。可以优选地通过聚合酶链反应或滚环扩增来扩增捕获的靶基因组区域，并进行检测或测序。此外，本发明涉及用于实施本发明方法的试剂盒，其包含一种或多种设计用于裂解一个或多个靶基因组区域的内切酶和设计用于捕获一个或多个靶基因组区域的桥接寡。所述试剂盒可以针对特定的靶基因组区域进行定制。