一种设备附接到显微镜载片，以形成具有输入和输出端口的封闭流体室，其中载片上的组织或细胞样本可以使用诸如免疫组织化学染色的技术进行处理。室内的试剂流可以是层流，并且在样本表面高度均匀，以实现没有梯度的染色。样本可以在任何给定的处理步骤之前、期间或之后成像。对样本进行染色和成像的方法可以通过一轮或多轮标记、标记移除或擦除和成像来实现。样本可以多次成像，以达到非常高的多重水平。样本可以在不同的时间放置在成像设备上，并针对特定的步骤从成像设备移除。