本公开涉及用于预测生物学样本的样品中一种或多种生物标志物的表达的自动化系统和方法。在一些实施方案中，所述样品是具有未知固定状态的样品，或是经受的固定持续时间未知的样品。在一些实施方案中，预测表达是一种或多种生物标志物的阳性百分比的定量估计。在其他实施方案中，预测表达是一种或多种生物标志物的染色强度的定量估计。在一些实施方案中，所述系统和方法利用已用多个训练样品训练过的经训练的生物标志物表达估计引擎，其中所述经训练的生物标志物表达估计引擎适于从所述样品导出生物标志物表达特征。在一些实施方案中，所述经训练的生物标志物表达估计引擎包括基于投影到潜在结构回归模型的机器学习算法。在一些实施方案中，所述经训练的生物标志物表达估计引擎包括神经网络。