本发明涉及一种基于参考的方法，其用于压缩由测序机器产生的基因组序列数据。确定先前已与参考序列比对的核苷酸或碱基的序列与参考序列是完全映射的、不完全映射的还是未映射的；然后根据所述确定进行编码。该确定步骤包括：对于每个不完全映射的序列，将所述序列与参考序列之间的失配的数目与参考阈值进行比较，以及根椐用于压缩由测序机器产生的基因组序列数据的所述比较方法的结果，根据不同的编码过程对不完全映射的序列进行编码。