本发明涉及用于提高干细胞存活率的包含免疫抑制剂在内的组合物及其用途。本发明证实了在施用人间充质干细胞(hMSC)的小鼠中发生免疫应答，并且通过实验证实了通过施用与其组合的免疫抑制剂，干细胞的治疗效果显著改善，如免疫应答的降低和干细胞存活率的提高。因此，根据本发明，可以使用包含免疫抑制剂在内的组合物显著提高干细胞的存活率，并且可以在提高的基础上改善干细胞的治疗效果。所述组合物可以克服由施用异种细胞引起的免疫应答，从而准确地验证细胞的稳定性和功效，因此将能够用作使干细胞的治疗效果最大化的间充质干细胞治疗剂。