本发明公开了一种高落差深水嵌岩基础的施工方法，当水位低于预定高度时，河床清基，形成基坑作业区；组拼双壁钢围堰，双壁钢围堰刃脚底部设置底托盘，内壁固定有底节钢护筒和钻孔平台钢管桩，且顶部设有临时平台、壁仓内浇筑注有刃脚混凝土；采用气囊法将双壁钢围堰整体下河，初步定位后拆除底托盘；精确定位后使双壁钢围堰下沉着床；进行底节钢护筒内堵漏砂袋施工、围堰内封底混凝土施工，拆除临时平台；接高钢管桩，搭设钻孔平台，在底节钢护筒内插打小直径工具钢护筒，洪水期进行钻孔桩施工，适时向双壁钢围堰壁仓内浇筑混凝土，枯水期围堰内抽水后进行承台施工。该方法施工效率高，钻孔平台工程量小；小直径工具钢护筒可倒用，施工成本低。