本发明公开了一种盐碱地生态排水沟结构及其快速构建方法，包括排水沟本体，排水沟本体上铺设基毯层，基毯层的中部种植设有芦苇层，芦苇层的两侧分别种植有蒿层，每个蒿层远离芦苇层的一侧种植有碱蓬层，每个碱蓬层远离蒿层的一侧种植有混合层，混合层由芦苇、狗尾巴草和碱蓬组成，芦苇层、蒿层、碱蓬层和混合层共同构成盐碱地植被毯。本发明基于植被分布规律的盐碱地生态排水沟不仅能够实现排水沟生态系统的快速重构，而且还克服了传统的土沟、浆砌石护坡排水沟及传统生态排水沟的不足；具有稳定性高，水土保持效果好；造价低，施工简单，同时还具备景观功能和过滤净化农田地表径流和地下排水的功能。