本发明公开了一种肠道内容物粪菌液分离提取装置，包括密封的外壳体、电控柜、筛选机构、物料收集机构、除臭罐、清洗机构、烘干机构及清渣机构；所述外壳体的顶部设有密封罩，外壳体的侧部设有防护门，电控柜设于外壳体的侧部；所述筛选机构设于外壳体的内部，其包括箱体、支撑台及若干层筛网；所述箱体设于支撑台上，且箱体的顶端设有箱门，筛网上下层叠排列于箱体中；所述物料收集机构包括真空收集瓶及离心机，真空收集瓶连接于箱体底端；所述清渣机构包括吸尘器与吸尘管，吸尘器通过吸尘管连接于箱体。本发明采用超声波筛网快速高效的完成筛选粪菌液分离工作，分离后再对设备进行清洁、消毒、烘干、除渣，为工作人员提供更大便利。