本发明公开了一种疫苗存储发放系统及接种方法，包括：第一冷藏空间；疫苗存储装置，其设置在所述第一冷藏空间中，用于存储和发放疫苗；第二冷藏空间，其与所述第一冷藏空间连通，用于接收所述疫苗存储装置发放的疫苗，所述第二冷藏空间通过取苗口与外部接种空间连通。本发明的疫苗存储发放系统，通过将冷链室和疫苗发放功能合二为一，第二冷藏空间疫苗取放柜作为连接库内外的接口，可以将疫苗直接从第一冷藏空间转移到疫苗发放室，无需人工多次往返取苗，可以极大节约人力劳动，提高接种效率。