本发明涉及一种治疗胚胎停育疾病的中药组合物及其应用，所述中药组合物由以下重量份配比的原料药制成：熟附片10‑20份、红花25‑35份、当归10‑20份、莪术10‑20份、牛膝25‑35份、水蛭10‑20份、王不留行10‑20份、川芎25‑35份、全蝎5‑7份、生黄芪10‑20份、天花粉10‑20份、枳壳6‑12份、蒲公英10‑20份、白芍10‑20份、紫草10‑20份、麦冬6‑12份、炙甘草5‑7份。本发明中药组合物治疗胚胎停育有效率高达100％，完全流产率与清宫术相当，显著优于西药、原下胎方和调整得到的其他组方，在促进月经恢复方面优于清宫术，能显著缩短患者再次妊娠或移植的月经周期数，无不良反应和并发症，安全可靠。