本发明公开了一种多工况齿轮箱试验台紧停保护控制系统，包括中央控制器、紧停保护控制器以及用户输入输出单元，紧停保护控制器通过硬线连接有多个电机控制器，每个电机控制器独立控制一台电机，电机包括拖动齿轮箱运转的拖动电机和为齿轮箱提供负载的加载电机，用户输入输出单元的每个区位输出接口对应设置一个触摸屏和一个紧停输入按钮；还公开了一种通过紧停保护控制器与中央控制器、电机控制器等各功能单元协调控制的紧停保护控制方法，紧停保护控制器实时接收中央控制器发送的电机区位信息与确认指令，当紧停输入指令有效时向该区位的电机控制器发送紧停保护指令。本发明实现方法可应用到任意多工况的试验台保护系统中，具有一定的通用性。