本发明属于计算机文件系统技术领域，具体为一种安全文件系统构建方法。本发明通过多维度的数据空间变换实现文件系统异构性，给授权使用文件系统的用户提供不同结构的文件系统，它们有着相同的业务处理逻辑，在逻辑上没有区别，但是由内部文件系统结构不同带来的数据结构、组织、处理、存储方式的不同，从而实现文件系统数据组织和访问的异构性，增强了文件系统安全；文件系统主要包括提供用户访问的文件接口、文件系统元数据、文件元数据和数据空间管理；针对四个部分设计随机异构变换方法，使得每次构建的文件系统具有随机性，不同于普通文件系统，格式固定，容易通过分析获知文件系统组织方式，从而确保文件系统安全性。