本发明公开了一种驻波切换型声流微操控筛选装置及其工作方法，包括微操控装置、固定架和基座；微操控装置包括容器和压电陶瓷模块；容器为上端开口的空心长方体，包括第一至第四侧板以及底板,第一、第三侧板外壁中心分别设有和所述第二侧板平行的第一、第二夹持耳；压电陶瓷模块包含设置在底板的下端面上第一压电元件组和第二压电元件组；第一、第二夹持耳通过固定架固定在基座上。本发明中通过对第一、第二压电元件组轮流施加简谐电压信号实现对不同直径的目标物的分离筛选。本发明采用压电激励的微操控装置实现了对目标物的无损、无接触操控，提高了研究人员与目标物的交互。