本发明提供了一种高通量染色体和细胞骨架应变流式分析仪及实施方法，包括：进样装置、微流控芯片、光源模块、成像器件、控制分析模块；进样装置用于将液体样本导入微流控芯片中；微流控芯片用于将液体样本携带的细胞以单细胞排列的方式输送并推过限制结构；光源模块用于向所述单细胞的细胞骨架和染色体DNA染色剂发射相应波段激光，获取单细胞荧光信息；成像器件用于对经过微流控芯片限制结构部分的单细胞进行动态成像；控制分析模块位于成像器件的正上方，控制分析模块用于辨识并确定单细胞图像中的细胞骨架和细胞核内染色体受限制结构挤压发生形变的动态荧光图像，并分析统计细胞骨架和细胞核内染色体的应变的形态和结构特征。