本发明公开了一种高速多相永磁同步电机低损耗变流系统谐波抑制方法，属于新能源发电与并网技术领域。首先根据相数通过谐波抑制算法确定多相绕组之间的移相角度，再通过谐波抑制算法模块，抑制电机系统在有源整流与变频调速过程中的谐波分量，再通过傅里叶分析分离出有害谐波数学表达式，建立旋转坐标系下电流模型，通过谐波抑制环节抑制。最后通过三电平主拓扑结构实现主功率器件的等效高开关频率，执行以上谐波抑制算法的驱动控制。本发明能够降低控制系统和主功率器件技术指标要求，抑制多相电机对驱动系统内谐波的不可控放大作用；减少系统谐波造成的发热、噪声、震颤等安全隐患；降低系统损耗，实现多相电机变流器驱动下快速响应与稳定运行。