本发明涉及一种深埋巨厚溶隙裂隙含水层帷幕建造的方法。为解决现有矿山深埋含水层帷幕建造中存在的裂隙揭露率低造成截水率低、检查钻孔的检查范围小且不够灵活、有效钻探工程量占比低的问题。本发明采用的方法步骤包括：1)在帷幕线上布置有内外定向孔组，钻孔注浆套管进入到目标含水层顶部坚硬隔水层中，定向孔组的分支孔沿帷幕轴线方向顺目标含水层分段钻进；2)帷幕建造的注浆方法；3)当所有定向孔组注浆结束后，检查钻孔交叉检验注浆效果；4)根据分支孔揭露含水层问题，以及检查钻孔对帷幕质量检验结果，有针对性地布置垂直取芯孔，进行取芯验证；5)地孔瞬变电磁法探查帷幕薄弱段；6)利用分支孔按步骤2)的方法对帷幕薄弱段进行补充注浆加固。