本发明公开水利工程用清淤除污装置及其使用方法，清淤除污装置包括支撑件，所述支撑件上设有转动连接件，转动连接件吊装在船体上，支撑件上连接有泵体，支撑件的下方转动设有对称分布的延伸臂，支撑件上设有对称分布的驱动件，驱动件驱动延伸臂位于支撑件上转动，泵体的输出端设有污泥处理池，污泥处理池上设有排泥件，泵体将污泥泵入污泥处理池内；使用方法包括设备布置、吸取、过滤、刮取和推进。本发明清淤除污装置通过船体吊装清淤除污装置沉至水下床体上，通过延伸臂延伸与淤泥接触，泵体和螺旋推送件对淤泥进行吸取和推送，通过污泥处理池进行处理后实现泥水分离，提高了工作效率，减少淤泥清理的投入，机动性强。