本发明涉及一种边坡生态防护系统及其施工方法，通过固定设置于边坡的支撑结构并结合防护结构对种植结构进行固定，通过种植结构进行装土种植，以实现边坡特别是高陡边坡的生态绿化防护。本发明提供的技术方案，通过采用I型锚杆和Ⅱ型锚杆相结合、以及刚性被动防护网和柔性主动防护网相结合的方式实现边坡防护，能够起到更好的稳固作用；采用植物生长槽装土种植，可以采用玻璃钢槽作为植物生长槽，生态环保，具有良好的景观性，且施工周期快，成型后减轻坡面受雨水冲刷的水土流失，有益于植物生长，便于养护；植物生长槽的加工可在工厂进行，边坡现场施工的同时可以预先在该植物生长槽中进行植物种植，由此提高了现场施工效率。