本发明提供了一种基于多级加密的科技创新平台项目申报方法及系统。项目申报人员输入账户和密码，进行主体信用评价和用户权限认证，获取项目申报权限，并将项目申报材料发送至科技创新平台，进行数据签章，保存为签章项目申报材料；流程监管人员定期检查所述签章项目申报材料的所在位置，并通知评审专家完成评审，科技创新平台根据评审结果确定项目是否通过，所述科技创新平台根据所述约束规则和所述通过审核申报材料进行创新券的增减，并对项目剩余资金进行考核。本方案采用多级加密实现对不同类型人员展示项目申报材料的不同方面，避免因外在因素影响项目评定结果，降低信息泄漏风险，动态控制创新券发放，提升项目的执行灵活性。