本说明书实施例提供一种多方联合对隐私数据进行处理的方法和系统，其中上述多方包括，管理方和n个数据方，方法包括以下步骤。各个数据方分别利用系统公钥，采用约定的同态加密算法，对其持有的原始隐私数据进行加密，得到对应的密文数据；其中，系统公钥通过对多方分别对应的n+1个基础公钥聚合而得到。然后多方中的至少一方，根据预定规则，对n份密文数据进行同态运算，得到密文运算结果。各个参与方，分别利用其本方私钥，对密文运算结果进行部分解密，得到部分明文结果。管理方将各个部分明文结果进行聚合运算，得到明文运算结果。