本发明提供一种焦炉煤气深度净化制氢的系统及方法，属于焦炉煤气净化领域。通过设置预洗塔为超重力旋转装置，使得脱苯后的焦炉煤气可以在预洗塔内通过超重力旋转技术进行杂质的初步脱除，以深度脱除脱苯后的焦炉气内的尘、苯、焦油、萘、氨和硫等有害物质，解决了焦炉煤气中的硫、氨超标会影响后系统稳定运行的问题，还解决了焦炉煤气中的焦油、萘会造成压缩系统堵塞的问题，还解决了粗脱硫不正常造成精脱硫的脱硫吸附剂提前失效而增加运行成本的问题。通过预处理，使得焦炉煤气返回焦炉后无需再脱硫，能减少烟道气脱硫装置的投资和脱硫废液的产生。通过低温甲醇洗操作进行脱碳操作，不仅提高了脱碳精度，且脱碳过程不消耗氢气而能提高氢气收率。