甜瓜嫁接不亲和是生长上经常面临的问题，迫切需要开发高效的亲和性砧木早期筛选技术。本发明属于砧木筛选技术领域，公开了一种甜瓜嫁接亲和性砧木筛选方法，对甜瓜砧木种子、甜瓜接穗种子分别进行消毒、清洗干净后，浸种、催芽处理；采用单子叶贴接的方式进行嫁接；并于嫁接愈合7d时，取嫁接接穗愈合部2mm茎段迅速放入2ml 75％医用酒精中，固定脱色24h，室温保存；取出已脱色的茎段样品，自来水水中清洗1min，利用预先配置的碘液染色1min，放入自来水中清洗1min；取出放在滤纸上；体视显微镜观察，计算接穗愈合部茎段淀粉碘染面积百分比，基于计算结果进行亲和性砧木筛选，若碘染面积小于10％则为嫁接亲和性砧木。本发明能够在甜瓜嫁接后7d就完成亲和性砧木材料的筛选，准确性高，省时省力，成本低。