本公开提供了一种逆变器并联系统的共模有源阻尼谐振环流抑制系统及方法，获取谐振环流抑制系统的运行状态数据，谐振环流抑制系统包括至少两台并联的三电平逆变器，各台逆变器的交流侧滤波电容公共点通过导线回接至直流侧中性点；根据获取的运行状态数据得到控制变量，利用控制变量调节谐振频率处三电平空间矢量调制中冗余小矢量的作用时间来调节谐振峰值，进而实现抑制谐振环流；其中，将逆变器侧零序环流的参考值设置为零，将参考值与实际值之间的误差发送给PI控制器，得到控制变量；本公开实现了对新型LCL滤波器并联三电平逆变器的谐振环流抑制，有效解决了模块化并联三电平逆变器因零序环流过高引发的系统故障率高的问题。