本发明公开了一种用于复杂多载荷卫星的综合电子系统，包括：导航信号分析模块、处理器模块、逻辑接口模块、多载荷支持模块、电源变换模块、故障重启模块和终端设备。适用于为卫星多种不同类型的载荷提供遥测、遥控、时间、轨道等信息，通过自适应动态分组资源调度算法，在不同的工作模式下通过调用不同的优先级参数，实现了多载荷的并行工作。逻辑接口模块与多载荷支持模块采用自适应协议的总线接口，方便进行模块的增减，提高了设备的灵活性和适应性。